Τὸ 1824 ἡ ἀντιπαλότητα των παρατάξεων κατέληξε σε ἐμφύλιο

Στὶς 13 Νοεμβρίου, οἱ πολιτικοί ἀντίπαλοι του Κολοκοτρωναιίκη σκότωσαν τον γιὸ του Πάνο, ὁ ὁποῖος ἦταν παντρεμένος με την κόρη της Μπουμπουλίνας, Ἑλένη Ὁ Γέρος του Μοριά παραδίνεται γιὰ νὰ τερματιστεῖ ὁ ἐμφύλιο καὶ φυλακίζεται στήν Ὕδρα Ἀναγκάστηκαν ὅμως νὰ τον ἀπελευθερώσουν το 1825, μετά ἀπὸ πρόταση του Παπαφλέσσα πρὸς τὴν κυβέρνηση Κουντουριώτη, ἐπειδή ἦταν ὁ μόνος ποῦ θὰ μποροῦσε νὰ ἀντιμετωπίσει τον Ἱμπραήμ. Ὅμως τα πράγματα εἶχαν πάρει ἄσχημη τροπή καὶ ὁ Γέρος παρά τις φιλότιμες προσπάθειές του δέν τὰ κατάφερε. Τελικά ὁ Ἱμπραήμ, ποῦ προετοίμαζε ἀπόβαση στὶς Σπέτσες καὶ στήν Ὕδρα, νικήθηκε στὴ Ναυμαχία τοῦ Ναβαρίνου ἀπὸ τις Μεγάλες Δυνάμεις.
Ὁ Καποδίστριας συνεργάστηκε στενά με τον Κολοκοτρωναιίκη, ποῦ εἶχε ἀναγνωρίσει ἀπὸ νωρίς την ἀξία του Γέρου τοῦ Μωριᾶ Γιὰ ἄλλη μία φορά ἡ διεκδίκηση ἐξουσίας καὶ ἡ ἀντιπαλότητα στὶς διάφορες παρατάξεις τῶν Ἑλλήνων εἶχε κακό τέλος: την δολοφονία του Καποδίστρια.             
Ὁ Κολοκοτρώνης την σχολίασε με το παρακάτω μῦθο:
"Τα γαϊδούρια πῆραν την ἀπόφαση νά σκοτώσουν το σαμαρᾶ, γιὰ ν' ἀπαλλαγοῦν ἀπ' τα σαμάρια κι ἀπ' το φορτίο, ποῦ τους ἔβαζαν οἱ ἄνθρωποι 'Ἔτσι κι ἔγινε Ἀμέσως ὅμως κατόπιν πῆραν την πρωτοβουλία τα καλφάδια (οἱ μαθητευόμενοι) του σαμαρᾶ, μά δέν ἤξεραν νά κάμουν καλή τὴ δουλειά, γιατί ἔχασαν το μάστορα τους. Ἔτσι τα κακοφτιαγμένα σαμάρια ἄρχισαν νά χτυπᾶνε καὶ νά πληγώνουν τα δυστυχισμένα γαϊδούρια, ποῦ δέν ἄργησαν νά καταλάβουν ὅτι με την ἀνόητη πράξη τους ἔπεσαν ἀπό το κακό στό χειρότερο."

Ἀργότερα, ἡ Ἀντιβασιλεία του Ὄθωνα κατηγόρησε τον Κολοκοτρώνη καὶ τον Πλαπούτα ὅτι προετοίμαζαν ἀνατροπή του ἀνήλικου Βασιλιά. Σὲ μιά στημένη δίκη καταδικάστηκαν σε θάνατο, μά γλύτωσαν χάρη στὴ γενναία στάση δύο θαρραλέων δικαστῶν, τοῦ Ἀναστάσιου Πολυζωίδη καὶ του Γεώργιου Τερτσέτη, ποῦ ἀρνήθηκαν νά ὑπογράψουν τὴν καταδικαστική ἀπόφαση Η ποινή μετατράπηκε σε ἰσόβια κι ὅταν, ἐνήλικος πιὰ, ἀνέλαβε ὁ Βασιλιάς Ὄθων τους ἀπένειμε χάρη.
Πέθανε στίς 4 Φεβρουαρίου 1843 ἀπό φυσικό θάνατο στήν Ἀθήνα, μετά το γλέντι γιὰ το γάμο του μικροῦ του γιοῦ Ο Κολοκοτρώνης εἶχε συνειδητοποιήσει ὅτι οἱ Ἕλληνες ἔπρεπε νά βασίζονται στίς δικές τους δυνάμεις κι ἔλεγε χαρακτηριστικά "ὅτι κάμομε θά το κάμομε μοναχοί καὶ δέν ἔχομε ἐλπίδα ἀπό τους ξένους".